Głównym celem Fundacji jest szeroko pojmowane wspieranie działań na rzecz reformy i rozwoju systemu edukacji w Polsce. Fundacja realizuje swój cel statutowy poprzez:

• obsługę programów współpracy zagranicznej w dziedzinie edukacji,
• wspieranie prac analitycznych i studialnych wspomagających projektowaną reformę edukacji, w ramach realizowanych programów,
• programowanie współpracy polskich placówek edukacyjnych z ośrodkami zagranicznymi,
• podejmowanie coraz szerszej współpracy z polskimi i zagranicznymi
  instytucjami i organizacjami edukacyjnymi.

Działania Fundacji zapewniające liczne uczestnictwo pracowników szkół i czelni w programach pomocowych podnoszących jakość kształcenia, tworzą sprzyjający grunt do reformowania i rozwoju systemu edukacji w Polsce. Programy te uwzględniają szereg inicjatyw Unii Europejskiej, wśród których priorytetowe znaczenie mają:

• zwiększenie inwestycji w zasoby ludzkie,
• zwalczanie podziałów i nierówności społecznych,
• wspieranie dążeń do zdobywania wiedzy,
• promowanie współpracy prowadzącej do podwyższania jakości usług edukacyjnych,
• promowanie kształcenia w trakcie całego życia człowieka.

Programy te wspierają projektowane przez Ministerstwo Edukacji Narodowej zamierzenia reformy, a w szczególności wspierają dążenia do:

• upowszechnienia kształcenia na poziomie średnim i wyższym,
• wyrównywania szans edukacyjnych,
• zintegrowania głównych aspektów kształcenia: wiedzy, umiejętności i rozwoju osobowego uczącego się na wszystkich szczeblach edukacyjnych,
• opracowania systemu i procedur oceniania osiągnięć uczniów oraz egzaminów umożliwiających porównywalność świadectw,
• wzrostu kwalifikacji zawodowych nauczycieli oraz opracowania nowego systemu awansu zawodowego i płacowego nauczycieli,
• poszerzania współpracy szkoły ze środowiskiem rodzinnym uczniów oraz społecznością lokalną,
• upowszechniania edukacyjnych programów z zakresu profilaktyki i opieki nad dzieckiem,
• wzrostu kwalifikacji zawodowych i kompetencji pracowników nadzoru pedagogicznego oraz organów prowadzących szkoły i placówki oświatowe,
• poszerzania autonomii szkół,

Zarządzanie programami edukacyjnymi

Fundacja zajmuje się administrowaniem największymi programami Unii Europejskiej z zakresu Edukacji w Polsce. FRSE była jedynym operatorem programu bezzwrotnej pomocy dla szkolnictwa wyższego w krajach Europy Środkowo-Wschodniej TEMPUS, przez wszystkie lata jego działalności. Dzięki doświadczeniom nabytym podczas administrowania tym programem po podjęciu przez Komisję Europejską decyzji o przyjęciu Polski do grupy państw uczestniczących w programie SOCRATES, FRSE stała się Narodową Agencją programu SOCRATES a później SOCRATES II i przez wiele lat była odpowiedzialna za administrowanie wszystkimi komponentami tego programu: Erasmus, Grundtvig oraz Comenius, administrowała również programem z zakresu Edukacji nieformalnej: MŁODZIEŻ (od 2007 r. „Młodzież w działaniu").
W 2007 roku, decyzją polskich władz edukacyjnych została ustanowiona jedyną centralną instytucją odpowiedzialną za wdrażanie i realizację programu „Uczenie się przez całe życie” wraz z jego wszystkimi programami sektorowymi: Comenius, Erasmus, Grundtvig i Leonardo da Vinci.

FRSE prowadzi także Krajowe Punkty Kontaktowe ds. programów UE: ERASMUS MUNDUS i TEMPUS, Krajowe Biuro Programu EURODESK oraz Centrum Współpracy z Europą Wschodnią i Krajami Kaukazu SALTO EECA, inicjatywę wspólnotową European Language Label oraz akcję eTwinning. Przy Fundacji działa także Polskie Biuro Eurydice - sieć informacji o edukacji w państwach europejskich.

Programy realizowane w ramach FRSE

• Uczenie się przez całe życie

W ramach programu działają podprogramy:
Comenius - edukacja przedszkolna i szkolna
Erasmus - szkolnictwo wyższe
Leonardo da Vinci - kształcenie i szkolenie zawodowe
Grundtvig - edukacja dorosłych
Wizyty przygotowawcze LLP

• Młodzież w działaniu
• Erasmus Mundus
• Tempus
• Eurodesk
• Salto EECA
• European Language Label
• eTwinning
• Eurydice
• Polsko - Litewski Fundusz Wymiany Młodzieży
• Fundusz Stypendialny i Szkoleniowy